Uma nova forma de prever a presença de amplificação genética de MYCN em tumores cerebrais pediátricos pela análise de moléculas de RNA

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Uma nova forma de prever a presença de amplificação genética de MYCN em tumores cerebrais pediátricos pela análise de moléculas de RNA

Sexta, 18.02.2022

Desde 2018, o Hospital de Câncer de Barretos - Hospital de Amor, realiza testes moleculares para subclassificar um tumor cerebral chamado meduloblastoma que ocorre com maior frequência em crianças, mas também pode ocorrer em adultos. Essa classificação é importante para direcionar tratamentos mais adequados. O método utilizado para a classificação do tumor cerebral pediátrico, envolve a utiização de uma tecnologia digital de última geração chamada NanoString que consegue detectar e quantificar centenas de moléculas de “RNA” simultaneamente e identificar exatamente qual o subtipo do meduloblastoma.

Além dessa classificação molecular, a análise de outras características do tumor como amplificação de oncogenes, também podem ser importantes para a conduta médica e para otimizar o tratamento dos pacientes. Um oncogenes, o MYCN, conhecido por estimular a proliferação das células, pode ser um desses fatores associados com o prognóstico dos pacientes. Normalmente, quando existem várias cópias desse oncogene (amplificação gênica), os tumores são mais agressivos e requerem tratamento mais intenso.

A maioria dos laboratórios utiliza um teste chamado hibridização in situ por fluorescência (sigla em inglês: FISH) para detectar a amplificação do MYCN. Entretanto, essa metodologia é trabalhosa, de alto custo, requer material biológico de qualidade, um microscópio especial para a visualização dos resultados e profissionais treinados para análise.

Neste trabalho, liderado pelo Dr. Daniel Moreno e Dr. Rui Manuel Reis, os cientistas identificaram uma relação entre a expressão do gene MYCN e os casos com amplificação. Posteriormente, estabeleceram uma fórmula capaz de predizer os casos com amplificação no gene a partir das contagens de moléculas de RNA. O método mostrou 100% de especificidade e sensibilidade, ou seja, essa relação foi verificada em todos os casos avaliados no estudo! Posteriormente, e através de colaboração internacional envolvendo seis centros de pesquisas do Brasil, Portugal e Argentina foi possível analisar mais de 200 casos de meduloblastomas, onde foi realizada a classificação molecular do subtipo tumoral e simultaneamente a predição da mutação no MYCN.

Esta abordagem pode modificar a rotina diagnóstica de meduloblastomas, sem custo adicional e sem a a utilização de material biológico adicional, proporcionando também um resultado rápido e preciso.

Instituições envolvidas na pesquisa: Hospital de Câncer de Barretos – Hospital de Amor, Barretos, Brasil; Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, São Paulo, Brasil; Hospital AC Camargo, São Paulo, Brasil; Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), São Paulo, Brasil; Hospital Italiano de Buenos Aires, Argentina; Hospital São João, Porto, Portugal.

Financiamento: Hospital do Câncer de Barretos, Ministério Público do Trabalho (MPT), Campinas (Pesquisa, Prevenção e Educação do Câncer, Brasil), Programa Nacional de Apoio à Atenção Oncológica (PRONON), Brasil.

 

Autores e Afiliações:

Daniel Antunes Moreno 1, Luciane Sussuchi da Silva 1, Maicon Fernando Zanon 2, Murilo Bonatelli 2, Flávia Escremim de Paula 2, Marcus de Medeiros Matsushita 3, Gustavo Ramos Teixeira 3, 4, Iara Viana Vidigal Santana 3, Fabiano Saggioro 5, Luciano Neder 5, João N Stavale 6, Suzana Maria Fleury Malheiros 6, Matheus Lima 7, Glaucia Noeli Maroso Hajj 7, Hernan Garcia-Rivello 8, Silvia Christiansen 8, Susana Nunes 9, Maria João Gil da Costa 9, Maria José Soares 10, Jorge Pinheiro 11, Carlos Almeida Junior 12, Bruna Minniti Mançano 1, 12, Rui Manuel Reis 13, 14, 15, 16

1 Molecular Oncology Research Center Dr. Paulo Prata, Barretos Cancer Hospital, Barretos, Brazil.

2 Molecular Diagnosis Laboratory Dr. Paulo Prata, Barretos Cancer Hospital, Barretos, Brazil.

3 Pathology Department Dr. Paulo Prata, Barretos Cancer Hospital, Barretos, Brazil.

4 Barretos School of Health Sciences Dr. Paulo Prata, Barretos Cancer Hospital, Barretos, Brazil.

5 Department of Pathology and Forensic Medicine, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil.

6 Federal University of São Paulo (UNIFESP), São Paulo, Brazil.

7 AC Camargo Hospital, São Paulo, Brazil.

8 Pathology Department, Italian Hospital of Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.

9 Pediatric Oncology Department, Hospital São João, Porto, Portugal.

10 Clinical Hematology Department, Hospital São João, Porto, Portugal.

11 Department of Pathology, Hospital São João, Porto, Portugal.

12 Pediatric Oncology Department, Pediatric Neurosurgery Department, Barretos Cancer Hospital, Barretos, Brazil.

13 Molecular Oncology Research Center Dr. Paulo Prata, Barretos Cancer Hospital, Barretos, Brazil. 

14 Molecular Diagnosis Laboratory Dr. Paulo Prata, Barretos Cancer Hospital, Barretos, Brazil.

15 ICVS/3B's-PT Government Associate Laboratory, Braga/Guimarães, Portugal.

16 School of Medicine, Life and Health Sciences Research Institute (ICVS), University of Minho, Braga, Portugal.

 

Abstract:

Purpose: Medulloblastoma is the most frequent pediatric malignant brain tumor, and is divided into four main subgroups: WNT, SHH, group 3, and group 4. MYCN amplification is an important medulloblastoma prognostic biomarker. We aimed to molecular classify and predict MYCN amplification in a single assay. Methods: It was included 209 medulloblastomas from 205 patients (Brazil, Argentina, and Portugal), divided into training (n=50) and validation (n=159) sets. A nCounter assay was carried out using a custom panel for molecular classification, with additional genes, including MYCN. nSolver 4.0 software and the R environment were used for profiling and MYCN mRNA analysis. MYCN amplification by FISH was performed in 64 cases. Results: The 205 medulloblastomas were classified in SHH (44.9%), WNT (15.6%), group 3 (18.1%) and group 4 (21.4%). In the training set, MYCN amplification was detected in three SHH medulloblastomas by FISH, which showed significantly higher MYCN mRNA counts than non-FISH amplified cases, and a cutoff for MYCN amplification was established (X + 4σ = 11,124.3). Applying this threshold value in the validation set, we identified MYCN mRNA counts above the cutoff in three cases, which were FISH validated. Conclusion: We successfully stratified medulloblastoma molecular subgroups and predicted MYCN amplification using a single nCounter assay without the requirement of additional biological tissue, costs, or bench time.

 

Revista: Journal of Neuro-Oncology

 

Linkhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35166989/